Grafelijke stichting
De begijninstelling was waarschijnlijk een grafelijke stichting, die tussen 1247 en 1256 is opgericht. Graaf en later Rooms-koning Willem II was daarbij betrokken, getuige een oorkonde uit 1332. De zogenaamde “Beghinenporte” werd al in mei 1300 genoemd.
Lakens lenen
Rondom 1318 werden de begijnen door Rome van ketterij beschuldigd, doordat zij de vrijheid namen om zelf te gaan preken. Dit gebeurde onder paus Clemens V. Op 17 januari 1321 nam graaf Willem III van Henegouwen (1304-1337) het begijnhof in bescherming. Hij geeft hen enige voorrechten, op voorwaarde dat zij hem en zijn vrouw bij verblijf in Zierikzee twaalf bedden, dekens en slaaplakens zouden lenen.
Branden
Bij een grote brand in het jaar 1414, waarbij de halve stad in as werd gelegd, verloor het hof al zijn oude charters en brieven.Door weer een grote brand in 1458 leed het Begijnhof grote schade en ging vermoedelijk de kerk ten gronde. Deze werd echter herbouwd, want in 1529 was er sprake van het St. Maria’s altaar in de kerk.
Bescherming
Op 2 mei 1416 vernieuwde graaf Willem VI de charters met voorrechten die het klooster door de eerste brand verloren had. De graaf nam de begijnen met al hun goederen in bescherming. Omdat het een geestelijke instelling betrof, wilde de graaf dat personen die niet leefden zoals verwacht door de procurator uit het hof gezet mochten worden.
Processen
In 1491 voerden de begijnen voor de Grote Raad van Mechelen een proces tegen hun pastoor Henric Clais Poppenszoonsz. Hij werd ervan beschuldigd verschillende begijnen op onfatsoenlijke wijze benaderd te hebben. Zijn aanstelling was al dubieus. De begijnen hadden voorkeur voor iemand anders, maar de graaf had hem gekozen. Het vonnis wees uit dat Henric zijn taken aan een plaatsvervanger moest overdragen.In 1509 werd Willemijne Andriesdochter uit het begijnhof weggestuurd en haar huis kwam aan het hof. Vanaf 4 november 1510 werden veel (minstens 17) processen door Willemijne bij de Grote Raad van Mechelen gevoerd over haar wegsturen. Zelfs in 1527 kwam nog een proces voor. Waarvan werd zij beschuldigd? Zij zou bij aankoop van hout voor het hof méér in rekening gebracht hebben dan dat er in werkelijkheid voor betaald was. Ook had zij uitkeringen aan arme begijnen achterwege gelaten en de opbrengst van de Goede Vrijdag collecte in eigen zak gestoken. Zo zou zij 75 pond aan het hof verschuldigd zijn na haar vijfjarig beheer.
Gefaliede begijnen
Een vrouw die begijn wilde worden moest eerst aan de meesterse vragen of zij op het hof mocht wonen. Als gebleken was dat zij een smetteloze reputatie genoot en van wettige geboorte was, verleende de meesterse toestemming. Haar hoofdhaar werd afgeknipt en zij kreeg de falie, een begijnmantel. Zij bleef dan anderhalf jaar een aangenomen begijn en mocht haar wereldse kleding blijven dragen. Specifiek voor Zierikzee gold dat de begijnen minstens een proeftijd van drie jaar doorlopen moesten hebben.
Na deze periode kon de meesterse vergunning vragen om een faliebrief te halen. In deze faliebrief, een schepenakte, stond de belofte om de statuten van het begijnhof te eerbiedigen. Als zij de belofte, ook willekeur genoemd, had afgelegd trad een nieuw stadium in. Zij was dan een verwillekeurd begijn. Haar kleding werd dan vervangen door een begijnenhabijt. Na enige tijd werd een verwillekeurde begijn ‘ontvangen’. Deze plechtigheid vond eens in de zeven jaar plaats. Dit gebeurde in de begijnenkerk, waarna gefeest werd. De ontvangen begijnen, de bruiden, moesten zelf het feestmaal bekostigen.
